Kisah baru ini mengikuti upaya heroik dari agensi kripto-zoologi Monarch saat anggotanya berhadapan dengan baterai monster seukuran dewa, termasuk Godzilla yang perkasa, yang bertabrakan dengan Mothra, Rodan, dan musuh bebuyutannya, Raja berkepala tiga Ghidorah. Ketika spesies super kuno ini – yang dianggap sebagai mitos belaka – bangkit kembali, mereka semua bersaing demi supremasi, meninggalkan keberadaan manusia yang tergantung pada keseimbangan.